Relativamente às notícias sobre a ocultação de abusos na Igreja por parte do atual e do anterior cardeal patriarca (D. José Policarpo e D. Manuel Clemente respetivamente), o Presidente Marcelo Rebelo de Sousa afirma não acreditar que qualquer um deles tenha escondido as denúncias de abusos sexuais.
No entanto, o Observador noticiou que D. Manuel Clemente teve conhecimento de denúncias mas optou por não dizer nada à polícia.